اولین دیالوگ اینه: "آنها به من گفتند، فرزند، تو خارق العاده ای. تو برای انجام کارهای بزرگ به دنیا آمده ای. میدانید، انها حقیقت را میگفتند"
در همین حال، هواپیمای پراتوگونیست بازی بالای اقیانوس اطلس سقوط میکند و تنها بازمانده، شخصیت اول است. شخصیت اول به سمت یک بنای مکعبی رو آب که یک فانوس دریایی روی آن سوار است شنا میکند و مشاهده میکند که فانوس دریایی، به زیراقیانوس راه دارد.
شخصیت اول داخل میشود و با مجسمه ی شخصی به نام اندریو رایان، با شعار "نه خدایی و نه پادشاهی، فقط انسان" مشاهده میگردد. با پیشروی بیشتر، شخصیت اول به یک آسانسور میرسد و داخل آن شده و آنرا فعال میکند. آسانسور در حین پایین رفتن، شهر زیرآبی رپچر، شهر خوشبتی و پناهگاهی از جنگهای انسانی که در حین جنگ جهانی دوم ساخته شده را معرفی میکند اما اندریو رایان به جک مشکوک میشود و حدس میزند که مامور کا گ ب یا CIA یا هرجای دیگری باشد.
اولین دیالوگ اینه: "آنها به من گفتند، فرزند، تو خارق العاده ای. تو برای انجام کارهای بزرگ به دنیا آمده ای. میدانید، انها حقیقت را میگفتند"
در همین حال، هواپیمای پراتوگونیست بازی بالای اقیانوس اطلس سقوط میکند و تنها بازمانده، شخصیت اول است. شخصیت اول به سمت یک بنای مکعبی رو آب که یک فانوس دریایی روی آن سوار است شنا میکند و مشاهده میکند که فانوس دریایی، به زیراقیانوس راه دارد.
شخصیت اول داخل میشود و با مجسمه ی شخصی به نام اندریو رایان، با شعار "نه خدایی و نه پادشاهی، فقط انسان" مشاهده میگردد. با پیشروی بیشتر، شخصیت اول به یک آسانسور میرسد و داخل آن شده و آنرا فعال میکند. آسانسور در حین پایین رفتن، شهر زیرآبی رپچر، شهر خوشبتی و پناهگاهی از جنگهای انسانی که در حین جنگ جهانی دوم ساخته شده را معرفی میکند اما اندریو رایان به جک مشکوک میشود و حدس میزند که مامور کا گ ب یا CIA یا هرجای دیگری باشد.
وقتی آسانسور به پایینترنین مرحله میرسد، شخصیت اول یک رادیو پیدا میکند و شخصی به نام اطلس از آن با شخصیت اول سخن میگوید و به شخصیت اول کمک میکند که به بالا برود. اما Splicerـهای رایان، اشخاصی که انسان معمولی بوده اند، اما بر اثر استفاده از ماده ی Adam که بعد میفهمیم از یک صدف دریایی گرفته میشود، مغز خود را در اختیار تامِ رایان گذاشته اند.
بنابراین اطلس به شخصیت اول پیشنهاد میکند که از پلاسمیدها که ژن را تغییر داده و باعث کارهای خاق الطبیعه ی بدن میشود استفاده کند و پلاسمیدها را باید از ماشینهای Vendor، با ماده ی Adam(آدم) خرید. آدم را دختران کوچکی به نام Little Sister که تحت سرپرستی یک خانم دکتر آلمانی به نام تنبام، نگهداری میشوند و مامور محافظت آنها موجوداتی به نام Big Daddy هستند حمل مکنند. اطلس به شخصیت اول میگوید که خواهران کوچک را بکشد و آدم را از آنها بگیرد، اما دکتر تنبام یک پلاسمید به شخصیت اول میدهد تا خواهران کوچک را بعد از کشتن Big Daddy محافظ آنها(دلیل محافظت اینست که ُSplicerـها نیز به آدم محتاجند و امکان کشتن خواهران کوچک را دارند)، زنده گذارده و بدون کشتن آنها آدم آنها را بگیرد.
اطلس به شخصیت اول میگوید که زن و بچه اش در یک زیردریایی هستند و وی میخواهد با آنها فرار کند و از شخصیت اول میخواهد که به وی کمک کند.
شخصیت اول به زیردریایی میرسد، و میرود تا آنرا آزاد کرده تا اطلس سوار آن شود اما رایان زیر دریایی را درست جلوی چشم اطلس منفجر میکند.
اطلس ناراحت و متغیر شده و عزم میکند که رایان را به راستی بکشد. در حین پیشروی در رپچر، اطلاعات زیادی از این شهر به دست شخصیت اول میرسد... اندریو رایان شخصیست زن باز و پنج بار ازدواج کرده است و شخصی به نام فرانک فانتین، چشم به امپراتوری رپچر دارد.
شخصیت اول بعد از موانع فراوان به بالاترین مرحله ی رپچر رسیده و به دفتر رایان میرسد.
نکته ی جالب داستان اینجاست:
شخصیت اول بچه ی نامشروع رایان از یک رقاصه در رپچر است!
بنابر این رایان به وی پیشنهاد امپراطوری رپچر را میدهد، اما شخصیت اول گوش نداده و رایان را میکشد. رپچر به زودی منفجر میشود و شخصیت اول سریع بمب را غیر فعال میکند.
همینجا، اطلس چهره ی واقعی خود را رو میکند: وی در اصل فرانک فانتین است که از سقوط هواپیما، وضعیت اضطراری رپچر و از شخصیت اول به عنوان یک ببو استفاده کرده تا رایان را بکشد و حال هم قصد کشتن شخصیت اول را دارد.
اما شخصیت اول را خواهران کوچک نجات میدهند و به خوابگاه خود میبرند.
دکتر تنبام به شخصیت اول میگوید که خود را از طریق آپارتمانها به جایی برساند که یک خواهر کوچک بتواند سرنگ خود را از جنازه ها پر از آدم کند و توسط آن، فانتین را بکشد.
بنابراین شخصیت اول خود را شبیه یک Big Daddy کرده و به یک خواهر کوچک کمک میکند تا آدم خود را پر کند.
آنوقت سر وقت فانتین میرود و وی را میکشد.
حال دو پایان در بازی می آید:
1- اگر دختران کوچک را کشته باشید، شخصیت اول کلید خروج شهر را به زور از خواهران کوچک میگیرد و یک تیم نجات در سکوی فانوس دریایی را میبینیم که توسط اسپلایسرها کشته شده و جنازه ی شخصیت اول از آسانسور رپچر در آب میفتد.
2- اگر فقط آدم را از دختران کوچک گرفته و آنها را از خلسه در آورده اید، به شما کلید خروج شهر را هرچند به کراهت میدهند و به شما کمک میکنند که با آسانسور از دریا گذشته و به خانه برگردید.